生物顯微鏡常被用於觀察生物組織和微生物，可觀察生物樣本中微小結構、透明或半透明物體、粉末、細小顆粒等物體。此工具被廣泛運用於生物學研究中，以了解生命的基本組成和機制，例如細胞、切片、組織和器官等生物學結構。此外，它亦被廣泛運用於醫學、畜牧業，協助觀察和診斷各種疾病，如細胞、病毒、精子、血液、組織和器官樣本等。此外，生物顯微鏡也常用於農業科學，以觀察農作物病毒、真菌和昆蟲等微生物。在環境監測方面，生物顯微鏡也可用於觀察水中、土壤中的微生物。