立體顯微鏡利用兩眼的視差所產生的立體感，又稱“解剖顯微鏡”“立體顯微鏡”“體視顯微鏡”“操作顯微鏡”。
立體顯微鏡的放大倍率較低約7到50倍，但工作距離較大約10cm。可以清楚方便地觀察細微的零件，例如微型機械、微型電子元件、塑膠模型等等。
在植物學研究適合觀察植物的結構和細胞。植物的細胞比動物的細胞通常要大，因此在低倍觀察下也可以清晰地觀察到細胞和細胞結構。
在材料分析可以用於分析各種材料，例如金屬、塑膠、紙張、銲鍚、電路板、珠寶、礦石等等。可以對這些材料的表面形態和微小的細節進行觀察和分析，並且進一步了解材料的性質和結構。